Dyscyplinarka w świadectwie pracy po wcześniejszym złożeniu wypowiedzenia przez pracownika

Pracownik złożył 2-tygodniowe wypowiedzenie umowy o pracę, na które pracodawca się zgodził. Pracownik przez 2 tygodnie wypowiedzenia był na zwolnieniu lekarskim (zwolnienie dostarczył do zakładu pocztą). W międzyczasie pracownik uzyskał informację, że na świadectwie będzie miał wpisany art. 52 Kodeksu pracy – czy ta sytuacja jest zgodna z prawem? Firma nie wypłaca wynagrodzenia na czas, pracownicy nie wykorzystują urlopu w całości, pracują ponad 8 godzin bez dodatkowej rekompensaty.