Co z kwotą wolną, gdy pracownikowi wypłacany jest dodatek aktywizacyjny

Pracownik został zatrudniony od 15 października 2016 r., w tym też dniu złożył pracodawcy PIT-2. Przed pierwszą wypłata w dniu 28 października 2016 r, pracownik dostarczył z urzędu pracy zaświadczenie, że będzie mu wypłacany dodatek aktywizacyjny od października 2016 r. do marca 2017 r. W związku z tym urząd jest uprawniony do zastosowania kwoty zwolnienia. Czy w związku z tym pracownik powinien wycofać złożony PIT-2., bądź złożyć jakieś oświadczenie dodatkowe? Czy pracodawca będzie odliczał ulgę podatkową od kwietnia 2017 r., czy dopiero od stycznia 2018 r.? Bardzo proszę o wyjaśnienie, w jakiej kolejności i co powinno być zrobione w celu prawidłowego rozliczenia podatku dochodowego.