Stawka opłaty prolongacyjnej jest równa obniżonej stawce odsetek od zaległości podatkowych, z dnia wydania decyzji w sprawie odroczenia lub rozłożenia na raty podatku, odroczenia lub rozłożenia na raty zaległości podatkowej.
Opłatę prolongacyjną oblicza się według wzoru:
K × L × S
----------------- = On = OPpz
365
gdzie:
K - kwota odroczonego lub rozłożonego na raty podatku, odroczonej lub rozłożonej na raty zaległości podatkowej,
L - liczba dni, na którą termin płatności podatku lub zapłatę zaległości podatkowej bądź rozłożono na raty zapłatę podatku lub zaległości podatkowej,
S - stawka opłaty prolongacyjnej,
365 - liczba dni w roku,
OP - kwota opłaty prolongacyjnej,
OPpz - kwota odsetek po zaokrągleniu.