Planowanie czasu pracy pracowników samorządowych a zarzut niegospodarności

Która z ustaw jest ustawą nadrzędną w stosunku do pracownika samorządowego - Kodeks pracy czy ustawa o finansach publicznych?
Przykładowo urząd pracuje w systemie równoważnym czasu pracy. W miesiącach, w których występuje przekroczenie miesięcznej normy czasu pracy, celem uniknięcia nadgodzin, pracownicy pracują w określone dni krócej. W miesiącach, w których występuje niedobór w stosunku do normy, korzysta się z art. 81 Kodeksu pracy.
Kontrole RIO uznają takie sytuacje (mimo jednoznacznych uregulowań prawnych cyt. powyżej Kodeksu pracy) za niegospodarność (w styczniu 2012 r. norma wynosi 168 godzin, czas przepracowanych 170 godzin, a w listopadzie 2011 r. norma to 168 godzin, przepracowanych 166 godzin).