Obowiązek wypłaty pracownikom wyrównania dodatku za pracę w godzinach nadliczbowych do 100% a możliwość zaliczenia wypłaconych wcześniej premii na poczet tych należności

Spółka zatrudnia mniej niż 20 pracowników. Zgodnie z przepisami nie ma regulaminu, wydano jedynie obwieszczenie dot. czasu pracy. Inspekcja Pracy w czasie kontroli stwierdziła, że niektórym pracownikom nieprawidłowo wypłacano dodatki za godziny nadliczbowe (zamiast 100% wypłacano 50%). O ile nie kwestionujemy prawa pracowników do 100%, a nie 50% dodatków, to jednak zastanawiamy się, czy w sytuacji, gdy Spółka niejako dobrowolnie (bo nie obowiązuje żaden regulamin ani zapisy w umowach o pracę) wypłacała premie, znacznie przewyższające kwotę niewypłaconych dodatków, ma prawne możliwości do zaliczenia kwot premii na poczet niewypłaconych świadczeń.
Zaznaczamy przy tym, że kontrola PIP jest kontrolą rutynową i nie została przeprowadzona po interwencji pracowników. Pracownicy nie zgłaszają żadnych pretensji, gdyż obiektywnie rzecz ujmując otrzymywali znacznie większe uposażenie powiększone o kwotę premii niż to, które wynika z wypłacania 100% dodatków. Z kolei pracodawca zastanawia się nad ograniczeniem kwot wypłacanych dotychczas premii zarówno miesięcznej, jak i rocznej, co w sumie może doprowadzić do obniżenia wynagrodzeń.
Czy pracodawca ma w ww. sytuacji prawne możliwości zaliczenia kwoty premii na poczet wyrównania dodatków za pracę w godzinach nadliczbowych? Czy w świetle ww. sytuacji pracodawca ma prawo do zawarcia z pracownikami porozumienia na temat tego, iż wypłacana premia miesięczna stanowi rekompensatę za niewypłacone dodatki za pracę w godzinach nadliczbowych (a dokładniej wyrównania z 50% do 100%)?